Después de la expulsión en 1492, la antigua judería es repoblada con cristianos llegados en gran parte de fuera de Calahorra. En el lugar donde se encontraba su sinagoga, se levanta hoy la Ermita de San Sebastián (antes el claustro del convento de los Padres Franciscanos). El primer documento sobre la presencia de la comunidad judía en Calahorra data de finales del siglo XI. Poco después, cuando Enrique II de Trastámara ocupa Calahorra y es elegido rey, parte de esa comunidad judía huye al reino de Navarra por temor a represalias.

Judíos con el apellido Calahorra y Calahora, descendientes de los expulsados en 1492, se detectan en el siglo XVI y XVII en Cracovia (Polonia). A través de la abundante documentación existente sobre compraventa y arrendamientos de propiedades rústicas, podemos hacernos una buena idea del enorme poder adquisitivo de esta comunidad judía. Los judíos de Calahorra se dedican a tareas agrícolas pero también al comercio y a actividades de tipo artesanal. También está documentada la presencia de médicos y numerosos arrendadores y recaudadores de rentas.

Una prueba de la importancia de la aljama judía de Calahorra se encuentra en el hecho de que en la ciudad viviera la última etapa de su célebre vida Abraham Ibn Ezrá, poeta, teólogo, astrónomo y astrólogo del siglo XII, autor entre otras obras del comentario a la Torah, y diversos libros y tratados de astronomía.