En el lugar donde se encontraba la sinagoga de Calahorra, se levanta hoy la Ermita de San Sebastián (antes el claustro del convento de los Padres Franciscanos).

En los fondos del Museo Diocesano de la Catedral se guarda la Torá procedente de la sinagoga calagurritana, hallada en 1929 por Fernando Bujanda y Julián Cantera. Se encontró como cubierta o envoltura de dos libros de actas del Cabildo Catedralicio de los años 1451-1460 (con cuatro columnas de escritura) y 1470-147.

También se conservan documentos de compra-venta y arrendamiento relacionados con los judíos, así como asuntos de la vida ordinaria escritos en caracteres hebreos.

La catedral de Calahorra fue edificada a finales del siglo XV en memoria del martirio de los legionarios romanos Emeterio y Celedonio, decapitados, según la tradición, hacia el año 300 en este mismo lugar. La veneración por este martirio explica su emplazamiento, a extramuros de la ciudad, en su parte baja y a orillas del río Cidacos.