En 1196 fue arrasado Puente Castro y su aljama se trasladó al núcleo urbano de León, delimitada por las actuales Plaza Mayor, de Santa Ana y del Grano. Los nombres originales de las calles de la judería, Cal de la Sinagoga, Cal de Moros, Cal Silvana, etc., fueron sustituidos hace siglos por Misericordia, Santa Cruz, Puerta del Sol, etc. Actualmente, se están recuperando los vestigios de la presencia hebrea en León: restos de construcciones medievales en la antigua aljama, bodegas, patios y pasajes.

Los hebreos leoneses ejercían las actividades profesionales más variadas al amparo del Fuero de 1090, que concedía derechos muy semejantes a judíos y cristianos. Pero, a partir del s. XIV, se limitan los derechos del pueblo hebreo y se permite a los cristianos atacar impunemente a los judíos: Los Quiñones y los Lorenzana en 1449 entraron en la judería saqueándola e hiriendo a sus habitantes. Todo contribuyó a que la población judía de León fuese decreciendo.

En 1492 los Reyes Católicos firman el decreto de expulsión de los judíos, poniendo fin a siglos de convivencia. Muchos decidieron convertirse, pero durante mucho tiempo se vieron amenazados por la sospecha de judaizantes.